Una volta realizzato il proprio PDF con LaTeX, potreste doverlo rendere disponibile su Internet e per questo sarebbe indicato proteggerlo contro le modifiche.

Esistono numerosi tool gratuiti per farlo (PDFCreator, pdf995, PDF X-change, ...), ma la maggior parte perde tutte le informazioni relative ai bookmark presenti all'interno del documento.
Per ovviare a questo problema è necessario utilizzare un altro tool a riga di comando, pdftk. Per evitare di utilizzare la riga di comando ogni volta, è possibile associare una voce di menu contestuale al programma, in modo da poter cliccare con il pulsante destro sul file e proteggerlo.

Le istruzioni che seguono fanno riferimento a MikTeX 2.5 ed Acrobat Reader 7:

1. come prima cosa è necessario scaricare il tool pdftk da http://www.accesspdf.com/pdftk/
2. dopodichè bisogna scompattare l'archivio e copiare il file pdftk.exe all'interno della cartella dei binari di MikTeX 2.5, solitamente C:\Programmi\MiKTeX 2.5\miktex\bin
3. a questo punto è necessario creare un nuovo file di testo e chiamarlo shell.reg; aprirlo con Blocco Note e scrivere all'interno:
   
   REGEDIT4
   
   [HKEY_CLASSES_ROOT\AcroExch.Document.7\shell\Encrypt]
   @="Proteggi PDF con pdftk"
   
   [HKEY_CLASSES_ROOT\AcroExch.Document.7\shell\Encrypt\command]
   @="C:\\Programmi\\MiKTeX 2.5\\miktex\\bin\\pdftk.exe \"%1\" output \"%1\"-crypted.pdf owner_pw INVENTAREPASSWORDLUNGA encrypt_128bit allow printing"
   
4. il comando @= va scritto tutto su una riga! 
5. ovviamente è possibile specificare i parametri che si desidera per il comando pdftk
6. a questo punto salvare il file e chiudere Blocco Note
7. fare doppio click sul file shell.reg in modo da inserire i nuovi comandi nel registro di configurazione

La procedura è terminata. Facendo click con il pulsante destro su un qualsiasi file PDF, comparirà una nuova opzione Proteggi PDF con pdftk che permetterà di proteggere i propri file velocemente.